skype.com'dan sağlam sürümünü indirebilirsin. Ayrıca alarm verdiği şeyin virüs olduğunu sanmıyorum. Zaten virüs gibi demişsin.
Büyük ihtimalle antivirüs programına entegre olan firewall alarm veriyordur. Ignore seçeneği falan çıkması lazım. Ya da Skype programını ignore list'e eklemen lazım. Çıkan hatanın ekran görüntüsünü buraya eklersen daha kolay çözüm bulunur.